Завод вырос из мастерских по ремонту геодезических приборов, организованной в 1928 году в Москве. В 1930 году мастерская была передана в ведение Главного Управления государственной съёмки и картографии (ГУГСК НКВД) и переименована в завод "Аэрогеоприбор".

В конце 1941года завод был эвакуирован в г. Бирск Башкирской АССР, а в 1942 году переведён в г. Красногорск, где было организовано оптико-механическое производство.

Постановление Совета Министров СССР от 13 апреля 1946 года "О мероприятиях по картографированию территории СССР на 1946 -1947гг." обязало Главного Управления геодезии и картографии при Совете Министров СССР восстановить в городе Москве завод "Аэрогеоприбор" по производству высокоточного геодезического и фотограмметрического оборудования.

Постановлением Коллегии ГУГК при Совете Министров СССР от 8.03.1946 года завод был размещен в здании Московского аэрогеодезического предприятия по адресу : Шелапутинский пер.6.

В последствии завод "Аэрогеоприбор" был переименован в ЭОМЗ ЦНИИГАиК; ЭОМЗ.

До 2012 года завод имеел полное наименование: Федеральное государственное унитарное предприятие "Экспериментальный оптико-механический завод", сокращенно ЭОМЗ и находится в ведомственном подчинении Федеральной службы государственной регистрации, кадастра и картографии (РОСРЕЕСТР) .

В 2012 года завод преобразован в ОАО «ЭОМЗ».

В августе 2015 года завод переименован в АО "ЭОМЗ", в связи со сменой организационно-правовой формы Общества.